В последнее время все чаще попадаются зараженные вирусами сайты. В большинстве своем это java-скрипт распространяющийся по всем возможным файлам вашего сайта. Как пишут наши эксперты - 90% процентов заражений идет по FTP. Либо через ваш ФТП-клиент с сохраненными паролями, либо взлом простого пароля. На нашем хостинге стоит DR.WEB, который успешно и регулярно отлавливает вирусы. Жалоб пока что не поступало. Так же в "1С-Битрикс: Управление сайтом" версии 9.1 (начиная со Стандарта) встроен веб-антивирус. Правда уже зараженный сайт он не вылечил, хотя диагностировал наличие вирусов.
Будьте осторожны!